本题考察的是职务作品著作权归属的相关规定。
根据《著作权法》与《计算机软件保护条例》，执行本单位的任务或者主要利用本单位的物质条件完成的计算机软件属于职务作品。
A选项 物资进销存系统 V1.0 著作权属于 A 物流公司：正确。该软件是孙某在任职期间、根据公司业务需求、利用公司条件开发的，符合职务作品的认定条件，其著作权归属公司。
B选项 著作权属于孙某：错误。虽然孙某是开发者，但其开发行为属于职务行为，著作权归公司所有。
C选项 著作权属于孙某和 A 物流公司：错误。职务作品的软件著作权不属于共有，而是直接归单位所有。
D选项 软件登记公告不予公开：错误。软件著作权登记是一种自愿登记制度，国家版权局进行登记公告，并且登记信息是公开的。
因此，选项 A 正确。