本题考察的是软件著作权的取得和保护期限相关知识。
A选项 作品的署名权、修改权可以转让：署名权、修改权属于著作权中的人身权，具有人身依附性，不得转让，因此错误。
B选项 著作权是在发表后开始生效：软件著作权自软件创作完成之日起自动产生，并非依赖发表才生效，发表只是一种公开方式，不影响著作权的生效时间，因此错误。
C选项 不需要自行申请：软件著作权属于自动取得的权利，开发完成后创作者自然拥有软件著作权，不需要自行申请登记。登记不是取得权利的必要条件，但可以作为法律维权的有力证明，因此该选项正确。
D选项 自然人的软件著作权保护期为50年：自然人的软件著作权保护期为作者终生及其死亡后50年，截止于作者死亡后第50年的12月31日，而不是单纯的50年，因此错误。
所以选择 C。