本题考察的是系统应用集成（EAI） 的相关概念与服务层次。
EAI 通过构建统一平台来集成不同的应用系统，确保数据和功能的共享。其核心原则和提供的服务层次对于系统的设计与实施至关重要。
问题1：
A选项独立性：EAI的核心原则之一是确保各应用程序的独立性，即各个系统可以独立运行，同时通过统一平台进行集成。这种独立性有助于系统的灵活性和可扩展性，正确。
B选项相关性：相关性并不是EAI的核心原则，错误。
C选项互操作性：虽然互操作性在EAI中非常重要，但其重点是系统之间能够正常交互，而非应用程序的独立性，错误。
D选项排他性：排他性并不是EAI的基本原则，它更强调系统之间的协同工作，而非限制性的特性，错误。
所以选择 A。

问题2：
通讯服务、信息传递与转化服务、应用连接服务、流程控制服务：这是标准EAI体系的从下至上的四层结构。
A选项通信：通信服务是EAI提供的最基础的服务，但它属于较低层次的服务，错误。
B选项信息传递与转化：信息传递与转化服务是EAI中的第二层服务，负责确保信息在不同系统之间的转换和传递，错误。
C选项应用连接：应用连接服务是EAI的第三层服务，用于实现不同应用系统的连接，错误。
D选项流程控制：流程控制服务是EAI的最上层服务，负责业务流程的管理和控制，确保整个系统的协调性和高效运行，正确。
所以选择 D。