本题考察的是数据库三级模式结构中的各个模式含义及其应用。
数据库的三级模式包括外模式、模式和内模式，是数据库系统体系结构的核心内容。
A选项外模式：也称为子模式或用户模式，是用户看到并使用的数据库视图，是数据库与用户之间的接口。外模式定义了用户能看到和操作的数据子集，不涉及数据的存储方式，因此不是正确答案。
B选项模式：是数据库的逻辑结构，是数据库中所有数据的逻辑视图和整体结构的描述，包括各个数据项之间的逻辑关系。虽然涉及表结构，但并不涉及聚簇索引这种物理存储结构，因此不是正确答案。
C选项内模式：描述的是数据在物理层的存储方式，包括文件的组织方式、索引结构（如聚簇索引和非聚簇索引）、数据的压缩方式等。聚簇索引属于数据的物理组织结构，因此修改聚簇索引改变的是数据库的内模式，这是正确答案。
D选项用户模式：不是数据库三级模式结构中的术语，属于干扰项，排除。
因此，选项 C 正确。