本题考察的是逆向工程与再工程的关系。
逆向工程负责从已有系统中提取高层次的抽象信息，而再工程则利用这些信息对系统进行优化、修改或重构，生成新版本。
A选项逆向分析：一般是逆向工程的过程之一，用于分析系统，不涉及生成新版本，错误。
B选项重组：指在相同抽象层次上对系统结构或代码进行调整，不涉及跨层次修改和产生新版本，错误。
C选项设计恢复：是逆向工程的一种形式，旨在恢复系统的设计信息，但不直接生成新的系统版本，错误。
D选项再工程：是在逆向工程结果的基础上，对现有系统进行修改或重构，从而产生新的系统版本，符合题干描述，正确。
因此，选项 D 正确。