本题考察的是软件文档分类中用户文档与系统文档的区别。
软件文档通常分为两大类：用户文档和系统文档。
用户文档是为终端用户或操作员准备的，用于指导其正确安装、使用和操作软件。典型的用户文档包括：安装手册、使用说明书、参考手册、操作手册、常见问题解答、版本说明等。
系统文档主要是为软件开发人员和维护人员编写的，记录了从需求分析、系统设计、编码、测试到部署的全过程内容。这类文档对程序的理解和维护非常关键。
A选项系统设计：属于系统文档的范畴，用于描述系统架构、模块划分、接口设计等，不是用户需要了解的内容，正确。
B选项版本说明：向用户说明软件的更新内容、修复的问题和新功能，是用户了解系统变更的依据，属于用户文档，错误。
C选项安装手册：指导用户如何正确安装软件系统，是典型的用户文档，错误。
D选项参考手册：提供系统命令、参数、接口使用等详细说明，辅助用户深入使用系统，属于用户文档，错误。
因此，选项 A. 系统设计 正确。