本题考察的是软件著作权归属与侵权责任相关概念。
程序员是接受委托开发软件，而软件著作权人是X公司，因此该软件的著作权依法属于委托方X公司。
A选项 属于开发者的特权：错误。著作权属于X公司，开发者无权私自修改和使用该软件，更谈不上有“特权”。
B选项 属于正常使用著作权：错误。程序员并不拥有著作权，无“使用”权可言。
C选项 不构成侵权：错误。擅自将他人拥有著作权的软件稍作修改并转交第三方，是典型的侵权行为。
D选项 构成侵权：正确。该行为违反了《中华人民共和国著作权法》中关于著作权人对软件的专有权利的规定，属于未经许可擅自使用并转让，构成侵权。
因此，选项 D 正确。