本题考察的是电子商务系统中的主要参与实体，属于电子商务的基础概念。
A选项 客户、商户、银行和认证中心：在电子商务活动中，客户是购买商品或服务的消费者；商户是提供商品或服务的供应商；银行处理支付事务，是金融交易的关键角色；认证中心负责提供安全认证服务，保证交易的安全性和合法性。这四个实体构成了电子商务的核心参与者，因此，A选项是正确的。
B选项 客户、银行、商户和政府机构：虽然政府机构在电子商务中起到一定的监管作用，但其并不是直接参与电子商务交易的实体。因此，B选项是错误的。
C选项 客户、商户、银行和物流企业：物流企业虽然在商品交付过程中起到重要作用，但其并不直接参与电子商务交易的核心部分，因此，C选项也是错误的。
D选项 客户、商户、政府和物流企业：同样，政府和物流企业虽然在某些情况下参与电子商务过程，但它们不是电子商务系统中直接的核心参与者，因此，D选项也是错误的。
因此，A选项为正确答案。