本题考察的是职务作品的软件著作权归属问题。
根据《中华人民共和国著作权法》及《计算机软件保护条例》规定，职务作品是指公民为完成法人或者其他组织工作任务所创作的作品。此类作品的软件著作权由法人或其他组织享有，创作者享有署名权。王某在公司安排的综合信息管理系统项目中进行程序设计工作，属于履行工作任务所完成的创作，因此该软件著作权归公司所有。
A选项侵犯了公司的软件著作权：正确。王某带走源程序并拒不交还，公司作为著作权人，其财产权利被侵犯。
B选项未侵犯公司的软件著作权：错误。因为源程序著作权并不属于王某个人，带走行为已构成侵权。
C选项侵犯了公司的商业秘密权：部分情况可能成立，但本题重点考查著作权归属，且描述中明确为源程序的著作权问题，因此不是最佳答案。
D选项不涉及侵犯公司的软件著作权：错误。此行为直接侵犯了公司依法享有的软件著作权。
因此，选项 A 正确。