本题考察的是项目范围管理中“定义范围”过程的输入内容。
A选项项目章程：是范围定义的重要输入之一，它提供了高层次的项目描述、目标、主要干系人和总体边界，为后续的范围界定提供了基本依据，因此属于有效输入。
B选项项目范围管理计划：是项目管理计划中的组成部分，定义了如何制定、监控和控制项目范围，是指导范围定义工作的主要依据，也属于该过程的输入。
C选项批准的变更申请：虽然不是PMBOK第六版以后定义范围过程的标准输入，但在一些老版本教材或项目调整背景中，作为变更引发重新定义范围的触发条件，也有可能被提及，因此并不完全错误。
D选项项目文档管理方法：是项目整体管理中的一部分，涉及文档的创建、控制与存储方式，与具体的范围定义过程无直接关系，不属于定义范围的输入。
因此，正确答案是 D。