本题考察的是著作权法中关于职务作品的归属问题。
A选项该软件著作权应由公司享有：软件项目是李某在公司任职期间，执行公司任务并利用公司物质条件完成的，属于职务作品。根据《著作权法》规定，职务作品的著作权一般由单位享有，因此正确。
B选项该软件著作权应由公司和李某共同享有：除非合同或法律另有规定，一般职务作品的著作权归单位单独享有，不属于共同享有。错误。
C选项该软件著作权应由李某享有：李某虽是主要开发人员，但系在执行职务行为下完成，不享有该软件的著作权（只保留署名权）。错误。
D选项除署名权以外的著作权其他权利由李某享有：著作权中的署名权属于作者本人，但财产权利部分（复制权、发行权、信息网络传播权等）归公司所有，不归李某享有。该说法不正确。
因此，本题答案为 A。