本题考察的是软件著作权的归属与转让的相关法律规定。
依据《计算机软件保护条例》第十六条，委托开发的软件，著作权的归属应当在合同中约定；没有约定或者约定不明确的，著作权属于受托人，即实际开发软件的一方。本题中，甲公司与乙公司未约定软件的使用权、转让权及利益分配办法，因此著作权归乙公司所有。著作权人依法享有包括使用权和转让权在内的各项权利。
A选项该工具软件的使用权属于甲公司：错误。由于合同未约定且未交付成果，著作权归乙公司，甲公司并未自动获得使用权。
B选项甲和乙公司均有该工具软件的使用权和转让权：错误。只有著作权人（乙公司）享有这些权利，甲公司未取得。
C选项乙公司与丙公司的转让合同无效：错误。乙公司作为著作权人，有权将其转让给丙公司，该合同合法有效。
D选项该工具软件的转让权属于乙公司：正确。著作权未约定的情况下归属乙公司，转让权自然属于乙公司。
因此，选项 D 正确。