本题考察的是软件著作权的保护范围与侵权行为的判定。
商标权及注册商标专用权主要用于保护商业标识的专有使用权，与软件的内容创作、复制传播等权益无直接关联。软件著作权属于知识产权范畴，软件开发者或相关权利人依法享有复制权、信息网络传播权等多项财产性权利，未经许可擅自复制、通过网络传播软件的行为，是侵犯软件著作权的典型情形。署名权属于著作权中的人身权利，仅针对作者署名相关权益，不涉及软件复制与传播行为的规制。
本小问答案是 软件著作权。题干中的“孙某在书店租到一张带有注册商标的应用软件光盘，擅自复制后在网络进行传播，其行为是侵犯软件著作权行为”对应软件著作权。
因此，选项 B 正确。