本题考察的是软件著作权归属与职务作品的相关规定。
A选项 项目组全体人员：开发人员虽然具体编写了代码，但属于公司安排的职务行为，软件著作权不归个人所有，错误。
B选项 系统设计师：系统设计师只是开发人员中的一部分，不能单独拥有整个软件的著作权，错误。
C选项 项目负责人：作为组织者和管理者，也不享有软件著作权，错误。
D选项 软件公司：软件是在公司主持、公司资源支持下完成的，属于职务作品。根据《计算机软件保护条例》，软件著作权人应为软件公司，正确。
因此，正确答案为 D. 软件公司。