本题考察的是软件著作权与商业秘密权的保护范围。
A选项侵犯了软件著作权：错误。软件著作权保护的是具体的程序源代码、文档等固定形式的表达，而不保护思想、处理方法或开发理念。王某使用的只是思想和方法，因此不构成著作权侵权。
B选项侵犯了商业秘密权：错误。商业秘密需要满足“保密性、经济价值性、权利人采取保密措施”三要件。本题中王某虽掌握相关信息，但M公司未与其签订劳动合同和保密协议，未采取必要的保密措施，因此不构成商业秘密。
C选项既侵犯著作权也侵犯商业秘密权：错误。上述两点均不成立。
D选项既未侵犯两种权利：正确。王某行为虽存在职业道德问题，但在法律层面上既不构成著作权侵权，也不构成商业秘密侵权。
因此，正确答案是 D。