本题考察的是计算机系统性能评估的几种常见方法。
问题 1：等效指令速度法通过统计各类指令在实际程序中出现的频率以及其执行时间，计算出一个加权平均的执行时间，从而估计系统性能。
A选项时钟频率法：仅考虑硬件层面的时钟速度，不能反映指令复杂度，错误。
B选项等效指令速度法：正确，考虑了指令比例，是其主要特征。
C选项综合理论性能法：用于描述部件间的理论运算性能，并不涉及指令比例，错误。
D选项基准程序法：虽能反映实际性能，但并非依据指令比例计算，错误。
因此，正确答案 B。

问题 2：基准程序法通过运行一组具有代表性的程序，对整个系统进行评估，考虑了I/O、操作系统、编译器等对性能的综合影响，因此可以更真实地反映系统的整体性能。
A选项时钟频率法：过于理想化，不考虑系统结构，错误。
B选项等效指令速度法：只针对指令结构，不包括操作系统等，错误。
C选项综合理论性能法：理论模型，不包括运行环境因素，错误。
D选项基准程序法：正确，能全面反映系统真实性能。
因此，正确答案 D。