本题考察的是系统分析阶段的任务和方法，核心是要区分“做什么”与“怎么做”的阶段划分。
在系统开发生命周期中，系统分析阶段的主要任务是确定系统**“做什么”，即分析系统的业务需求、功能需求等，而不涉及系统的实现细节。而“怎么做”是后续系统设计阶段**的工作。
A选项 多与用户沟通：正确，是获取系统真实需求和使用反馈的有效方式。
B选项 了解现有系统的结构和运行方式：正确，有助于把握现有系统的问题与需求改进点。
C选项 理解“做什么”的基础上抽取“怎么做”的本质：错误，这是将分析阶段的任务和设计阶段混淆了，分析阶段不应关注“怎么做”。
D选项 从物理模型出发建立逻辑模型：正确，是系统分析中常用的方式，用于从具体到抽象地理解系统功能。
因此，选项 C 正确（即是错误的方法）。