本题考察的是计算机输入输出控制方式及CPU干预程度。
计算机主机与外设间的I/O控制方式主要包含程序查询、中断、DMA、通道四种，不同方式的CPU干预程度和资源占用差异显著。通道方式则依赖专用的通道控制器管理I/O操作，CPU只需下达初始指令，后续全程由通道控制器处理，几乎不会占用CPU时间。DMA（直接存储器访问）方式由专门的DMA控制器负责数据传输过程，CPU仅需在传输的起始和结束阶段进行少量干预，对CPU资源的占用极少。中断方式仅在外设完成I/O操作后，才通过中断信号通知CPU进行后续处理，CPU干预时间大幅缩短。其中程序查询方式下，CPU需持续轮询外设状态，全程参与I/O过程，是四种方式中占用CPU时间最多的。
本小问答案是 程序查询。题干中的“计算机系统中主机与外设间的输入输出控制方式有多种，其中占用主机CPU时间最多的”对应程序查询。
因此，选项 D 正确。