本题考察的是计算机系统性能评估方法的基本概念。
A选项：指令执行速度法以机器的指令执行速度为衡量标准，通常用 MIPS 表示，即每秒百万条指令数。描述正确。
B选项：基准程序法实际上是通过运行典型应用程序来衡量系统的整体性能，除了 CPU 外，它还会受到 I/O 结构、操作系统、编译程序效率 等的影响。题干说“不考虑这些因素”，与实际情况相反，因此此项错误。
C选项：等效指令速度法是通过统计不同指令在程序中出现的比例，计算加权平均执行时间或速度，从而反映系统的综合性能。描述正确。
D选项：综合理论性能法（CTP）从理论上综合考虑运算部件的性能，用 MTOPS（百万次理论操作/秒）来评估。描述正确。
因此，错误的是 B。