本题考察的是流程设计的基本概念及常用工具。
流程设计在系统开发中用于明确处理逻辑，常见的工具有程序流程图、IPO图、N-S图（盒图）、PAD图、判定表、判定树等。
A选项 任何复杂的程序流程图都应该由顺序、选择、循环结构构成：这符合结构化程序设计的思想，所有复杂的逻辑都能通过顺序、选择和循环三种基本控制结构组合而成，因此此选项正确。
B选项 IPO图不适合用来进行流程设计：IPO图主要用于描述一个模块的输入、处理和输出关系，是流程设计中常用的工具之一，因此该说法错误。
C选项 PAD图是一种支持原型化设计方法的图形工具：PAD图（问题分析图）是用来进行结构化程序设计的图形工具，强调逻辑清晰和标准化，而不是原型化方法，因此该说法错误。
D选项 N-S图容易表示嵌套关系和层次关系，特别适合于设计非常复杂的流程：N-S图（盒图）确实能很好地表示嵌套和层次关系，但当流程非常复杂时，N-S图会变得庞大难以阅读，所以“特别适合非常复杂流程”的说法是不准确的，因此错误。
所以答案选择 A。